L’entreprise israélienne NRGene — la seule entreprise dans le monde à cartographier le génome du pain, des pâtes et du blé amidonnier sauvage – est parvenu à identifier une mutation qui causerait le cancer du colon en définissant en totalité le profil génomique d’une famille humaine.

« Nous avons montré que notre logiciel est capable d’identifier de façon plus précise, plus rapide et moins chère les anormalités et les mutations génétiques chez les êtres humains », a dit Gil Ronen, directeur et co-fondateur de NRGene lors d’un entretien téléphonique.

« On peut maintenant l’utiliser pour détecter d’autres maladies de type génétique, depuis l’allergie aux arachides jusqu’au cancer, pour pouvoir faire un dépistage précoce et, avec un peu de chance, de la prévention ».

Après être rapidement parvenu à cartographier un certain nombre de génomes – celui du blé amidonnier sauvage, celui du blé à pain et autres céréales et animaux, l’entreprise a commencé à se concentrer sur le génome et la santé humaine, ce qui est un marché bien plus important, a dit Ronen. C’est la première fois que la technologie NRGene est utilisée pour des analyses de génome humain.

L’étude, menée conjointement avec le docteur Henle Ji, professeur associé de médecine (oncologie) à l’université de Stanford, a enquêté sur la composition génétique d’une famille touchée par des cancers du colon. Des échantillons ADN ont été prélevés chez les grands-parents, les parents et les enfants et le logiciel NRGene a cherché la mutation héréditaire à l’origine du cancer. La présence de cette mutation cause un cancer chez 60 % des hôtes, a expliqué Ronen.

Le directeur-général de NRGene Gil Ronen (Autorisation)

Le directeur-général de NRGene Gil Ronen (Autorisation)

« Stanford a déjà réussi à identifier la mutation mais a voulu comparer notre système avec le système alternatif utilisé par l’université, », a dit Ronen.

« Habituellement, les tests génétiques pour trouver des mutations prennent des années et le taux de réussite est bas car vous pouvez trouver plusieurs mutations suspectes. Dévoiler la bonne mutation exige un travail minutieux. Notre système l’a fait en une semaine et nous avons obtenu une réponse qui a été la bonne. Cela a parfaitement correspondu ».

Le docteur Ji a présenté les résultats de la collaboration avec NRGene à la conférence de génétique humaine, mercredi à Orlando.

Le logiciel NRGene de GenoMagic est généralement utilisé pour éplucher de vaste quantités de données génétiques appartenant à des plantes, des céréales et des animaux pour identifier les espèces les plus fortes et aider à créer de nouvelles variétés plus saines. Mais le génome du blé fait cinq fois la taille du génome humain, explique Ronen. Les méthodes utilisées par NRGene représentent un tiers du coût des autres systèmes existants et elles vont dix fois plus vite.

Le projet du génome humain a permis de produire les premières séquences complètes de génomes individuels il y a 17 ans. Toutefois, l’analyse logiciel de méga-données est nécessaire pour pouvoir comparer d’importantes quantités d’informations génétiques présentes chez une grande variété de population et c’est là que NRGene peut jouer un rôle, de la même manière que l’entreprise a joué un rôle dans l’agriculture.

« C’est un défi en termes de méga-données de faire la séquence de manière précise, rapide et moins chère et de trouver les différentes caractéristiques et les gènes malades en comparant des milliers de patients », dit Ronen. « Notre système est le seul qui relève ce défi. Nous le faisons déjà pour des millions de plantes. Plus il y a de données, plus nous avons d’avantages sur nos concurrents ».

Des piments poussant dans le champ de piments du Chili de NRGene (Autorisation)

Des piments poussant dans le champ de piments du Chili de NRGene (Autorisation)

Le logiciel GenoMagic peut être utilisé par les chercheurs et les professionnels de la médecine pour leurs patients, ainsi que par les grandes entreprises pharmaceutiques qui développent des médications personnalisées et cherchent à mieux adapter leurs médicaments au patrimoine génétique des individus, a dit Ronen.

Fondée par Ronen et Guy Kol en 2010, NRGene a développé un logiciel dont l’objectif est d’accélérer la culture des variétés d’élite de céréales. Ils ont enrôlé des employés qui travaillaient sur le piratage des codes au sein de l’armée israélienne pour écrire des algorithmes qui feraient le travail.

Ces anciens décodeurs de l’armée ont travaillé intensivement pendant environ quatre ans avec une équipe d’ingénieurs et de bio-informaticiens. Finalement, une série d’outils informatiques pour émerger qui ont permis à NRGene de cartographier rapidement et précisément toutes sortes de génomes, même les plus complexes.