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Un variant « très différent » du COVID-19 détecté en Israël, au Danemark et aux USA

L'OMS surveille le "nouveau" variant Omicron, qui comporte plus de 30 mutations de la protéine Spike ; il est trop tôt pour en connaître l'impact, selon Pr. Ronit Calderon-Margalit

Au premier plan, une impression 3D créée en 2020 d'une protéine Spike du virus SARS-CoV-2 ; à l'arrière-plan, une impression 3D d'une particule du virus SRAS-CoV-2. (Crédit : National Institutes of Health/AFP)
Au premier plan, une impression 3D créée en 2020 d'une protéine Spike du virus SARS-CoV-2 ; à l'arrière-plan, une impression 3D d'une particule du virus SRAS-CoV-2. (Crédit : National Institutes of Health/AFP)

Un nouveau variant du virus COVID-19 détecté en Israël est suivi par les autorités sanitaires du monde entier. Ce variant, séquencé en Israël et au Danemark à la fin du mois de juillet, est désormais aussi apparu dans le Michigan, aux États-Unis.

Le groupe consultatif sur l’évolution du virus SRAS-CoV-2 de l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) a désigné le nouveau variant, connu sous le nom de BA.2.86, comme un variant sous surveillance (VUM) en raison de ses nombreuses mutations. Les Centers for Disease Control (CDC) des États-Unis le surveillent également.

« Personne ne connaît sa virulence ni son degré de transmissibilité », a déclaré la professeure Ronit Calderon-Margalit, directrice de l’école de santé publique de l’Université hébraïque et de l’hôpital Hadassah.

Les virologues suivent de près ce variant parce qu’il présente plus de trente mutations dans sa protéine Spike.

« L’intérêt réside dans le fait qu’il est très éloigné du variant BA.2 Omicron [qui est à l’origine de la plupart des cas de COVID dans le monde]. C’est donc comme une deuxième génération de BA.2. On suppose que c’est ainsi qu’ils le voient maintenant », a déclaré Calderon-Margalit.

« Il est aussi éloigné de l’Omicron original que l’Omicron original l’était du type sauvage [qui a déclenché la pandémie] », a-t-elle expliqué.

Jusqu’à présent, un seul cas de BA.2.86 a été signalé en Israël. Il n’existe aucune information publique sur la personne infectée, ni sur la manière dont elle l’a contractée, le lieu où elle l’a contractée, ou son état clinique. Quoi qu’il en soit, Calderon-Margalit a déclaré qu’il était bien trop tôt pour dire si le variant entraînerait une augmentation du nombre de personnes malades ou d’hospitalisations.

La professeure Ronit Calderon-Margalit, directrice de l’école de santé publique de l’Université hébraïque et de l’hôpital Hadassah. (Crédit : Tal Margalit)

Les données du ministère de la Santé montrent que les hospitalisations dues au COVID au cours du mois dernier sont restées stables – environ 200 personnes par jour – avec une baisse – à 100 personnes – au cours de la semaine dernière (peut-être en raison de la présence de nombreux Israéliens à l’extérieur du pays pour les vacances). Le nombre de patients COVID gravement malades se situe entre 30 et 35 depuis un mois.

« Si l’on assiste à une recrudescence d’un virus très violent et agressif, on peut s’attendre à une augmentation du nombre d’hospitalisations. Il est tout simplement trop tôt pour dire si ce nouveau variant est préoccupant, car le nombre d’hospitalisations COVID est actuellement très faible, en particulier pour les cas graves », a déclaré Calderon-Margalit.

Le fait que de nombreux pays dans le monde aient supprimé les tests et les politiques de quarantaine et soient devenus plus laxistes en ce qui concerne le suivi et la communication des données peut également rendre difficile l’obtention d’une image claire de la situation.

Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) indique qu’il n’a pas reçu de rapports complets cet été et que, par conséquent, « l’évaluation de la situation épidémiologique du COVID-19 pour l’UE/EEE n’est pas complète et les données doivent être interprétées avec une certaine prudence ».

La plupart des Etats qui avaient mis en place des dispositifs de surveillance spécifiques de la présence du virus du Covid-19 et de ses variants les ont en général démantelés, estimant que la menace était désormais moins sévère et ne justifiait plus ces dépenses.

L’OMS n’a de cesse de dénoncer ce « désarmement » et continue « d’appeler à une meilleure surveillance, séquençage et notification de la Covid-19 alors que ce virus continue de circuler et d’évoluer ».

Si, depuis début mai, l’OMS ne considère plus la pandémie comme une urgence sanitaire mondiale, « le virus continue de circuler dans tous les pays, continue de tuer et continue de changer », a encore souligné la semaine dernière son directeur général Tedros Adhanom Ghebreyesus.

Sur la dernière période sous revue (du 17 juillet au 13 août 2023), plus de 1,4 million de nouveaux cas de Covid-19 et plus de 2 300 décès ont été notifiés, selon le bulletin épidémiologique de l’OMS. Cela représente respectivement une augmentation de 63 % et une diminution de 56 %, par rapport à la période des 28 jours précédents.

Au 13 août 2023, plus de 769 millions de cas confirmés de Covid-19 et plus de 6,9 millions de décès ont été signalés dans le monde. Le bilan réel des infections et des décès est considéré comme beaucoup plus lourd, nombre de cas ayant échappé au recensement.

Itamar, un Israélien de 5 ans, recevant une dose du vaccin Pfizer/BioNTech Covid-19 alors qu’Israël commence sa campagne de vaccination contre le coronavirus pour les enfants de 5 à 11 ans, à la caisse de santé Meuhedet, à Tel Aviv, le 22 novembre 2021. (Crédit : Jack Guez/AFP)

On a donc constaté une augmentation des hospitalisations aux États-Unis et en Europe, mais il est trop tôt pour savoir ce que cela signifie en termes d’un éventuel retour généralisé du COVID à l’automne et à l’hiver.

Selon Calderon-Margalit, la préoccupation la plus pressante concernant le nouveau variant BA.2.86 est peut-être la manière dont son arrivée affectera les plans de vaccination de l’automne. La Food and Drug Administration (FDA) américaine a annoncé le 15 juin que les vaccins COVID pour l’automne devraient couvrir les variants Omicron XBB, qui étaient les plus courants jusqu’à présent en 2023.

Les demandes de commentaires du ministère de la Santé sur l’apparition d’un nouveau variant en Israël et sur les plans de vaccination COVID pour l’automne et l’hiver n’avaient toujours pas reçu de réponse à l’heure de la publication.

L’OMS traque actuellement trois variants d’intérêt (XBB.1.5, XBB.1.16 et EG.5) et sept variants sont classés sous surveillance (BA.2.75, BA.2.86, CH.1.1, XBB, XBB.1.9.1, XBB.1.9.2 et XBB.2.3).

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