Les États-Unis, la plus grande source – de loin – des cas de Covid-19 en Israël
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Les États-Unis, la plus grande source – de loin – des cas de Covid-19 en Israël

Une équipe de scientifiques, issus de 9 institutions, ont réalisé des séquençages de génomes et évalué que 800 "super-propagateurs" avaient été responsables de 80% des infections

Photo d'illustration : Une employée portant une combinaison de protection à bord d'un avion, à l'aéroport Ben-Gurion de Tel Aviv, le 13 mai 2020 (Crédit : Yossi Zeliger/Flash90)
Photo d'illustration : Une employée portant une combinaison de protection à bord d'un avion, à l'aéroport Ben-Gurion de Tel Aviv, le 13 mai 2020 (Crédit : Yossi Zeliger/Flash90)

Une équipe de scientifiques israéliens a conclu que les États-Unis avaient été – de loin – la plus grande source de propagation du coronavirus en Israël après une étude du séquençage des génomes du virus.

Cette équipe de recherche, qui a réuni des spécialistes issus de neuf institutions, a également établi qu’une fois que le virus a atteint Israël, un petit nombre de « super propagateurs » l’ont disséminé, devenant responsables d’une grande majorité des cas de contamination.

Sept Israéliens sur dix infectés à ce jour ont été touchés par un haplotype – une variante – arrivé dans le pays depuis les États-Unis, a indiqué au Times of Israel la virologue Adi Stern de l’université de Tel Aviv, qui a dirigé l’étude.

Elle a ajouté que seulement 30 % des personnes arrivées en Israël durant la crise revenaient des États-Unis et qu’elle a été par conséquent « très surprise » par la propagation de ce haplotype particulier. Elle a estimé que cela pourrait refléter, en partie, le niveau inhabituellement élevé des interactions qu’ont les Juifs de la diaspora en visite dans le pays et les citoyens israéliens.

Le modèle de propagation est lui-même surprenant, a-t-elle ajouté. « Nous pensons qu’environ 5 % des personnes infectées ont propagé le virus dans 80 % des cas », a commenté la virologue, expliquant que cela signifiait que 800 personnes seulement seraient responsables de quatre cas sur cinq de coronavirus.

C’est ce que suggère, en tout cas, le fait que de nombreux patients possèdent des génomes du virus à 100 % identiques, a-t-elle continué, « et nous aurions pu nous attendre à une variété de loin plus importante s’il y avait eu des chaînes de transmission plus diverses », explique Adi Stern.

Adi Stern de l’école de biologie cellulaire moléculaire et de biotechnlogie de l’université de Tel Aviv (Autorisation : Université de Tel Aviv)

« Nous savons que tout le monde n’est pas à égalité en ce qui concerne la propagation d’un virus par les personnes qui et, habituellement, on suppose que 20 % des gens contribuent à 80 % des cas de contamination », a-t-elle précisé. « Mais cette interprétation ne peut pas expliquer ce à quoi nous assistons aujourd’hui ».

Le séquençage des génomes lui a également permis d’estimer le nombre d’Israéliens qui ont été touchés par le coronavirus. Elle pense que ce chiffre est bien plus élevé que le nombre de cas rapportés – qui s’élève à 16 621 – mais qu’il est toutefois inférieur à 100 000. C’est une bonne nouvelle, a-t-elle ajouté, dans le sens où cela indique que le confinement a fonctionné et que la propagation du virus a été limitée. Seul inconvénient, « cela indique qu’il n’y a pas d’immunité collective en Israël ».

L’étude, dirigée par l’université de Tel Aviv, a été menée dans le cadre d’une collaboration avec l’université Emory, l’institut Gertner, l’institut de technologie de Holon, le centre du génome au sein de l’institut de technologie Technion et avec cinq hôpitaux israéliens. Elle s’est essentiellement intéressée à ce qu’on appelle les « mutations neutres du virus ».

Tandis qu’une mutation – très redoutée – susceptible de modifier le comportement du virus ne s’est pas produite, d’autres mutations observées n’ont pas changé ce même comportement et ont permis aux scientifiques de retracer la chaîne d’infection. Dans ce tout premier examen majeur du séquençage de génomes du virus, l’équipe d’Adi Stern a étudié le matériel génétique de 212 Israéliens qui, ensemble, ont formé un échantillon représentatif de la population en général.

La responsable de l’étude a expliqué ignorer pourquoi les voyageurs en provenance des États-Unis se sont révélés être une source majeure des cas de Covid-19 au sein de l’État juif, mais a formulé deux hypothèses.

Des échecs très médiatisés ont été constatés dans la mise en œuvre de la mise en quarantaine d’un grand nombre de nouveaux entrants sur le territoire israélien, et Adi Stern estime que cela pouvait refléter le fait que cette incapacité à faire appliquer ce protocole sanitaire avait concerné tout particulièrement des vols en provenance des États-Unis.

Elle a aussi déclaré que les chiffres pouvaient aussi refléter les « modèles comportementaux » des voyageurs arrivant en Israël depuis les États-Unis.

Tandis que les individus qui proviennent d’autres pays sont souvent des touristes étrangers qui n’ont des contacts que limités avec les citoyens israéliens, les voyageurs en provenance d’Amérique ont beaucoup d’interactions avec les habitants de l’État juif, a-t-elle ajouté. Parmi eux figure un grand nombre de citoyens israéliens revenant sur le territoire, des Juifs de la diaspora ayant de la famille et des relations dans le pays.

Après les États-Unis, les haplotypes ayant infecté les Israéliens venaient de Belgique (8 %), de France (6 %), du Royaume-Uni (5 %), d’Espagne (3 %), d’Italie (2 %), des Philippines (2 %), d’Australie (2 %) et de Russie (2 %), selon l’étude.

Adi Stern a indiqué que son équipe allait poursuivre ses recherches sur le séquençage de génomes et qu’en devenant de plus en plus précises, elles pourront être en mesure d’offrir des informations détaillées sur le taux d’infection dans un foyer, dans un immeuble résidentiel, dans une école, dans un quartier ou autres.

Elle espère qu’une meilleure image du mode de propagation du virus et des lieux où il est susceptible de se diffuser permettra aux autorités d’identifier avec plus d’efficacité les mesures de prévention à appliquer dans l’hypothèse d’une seconde vague, en sachant mieux où imposer un confinement et autres directives. Elle a expliqué que « cela permettra au gouvernement de déterminer des confinements futurs dans des zones particulières ou de faire fermer des types spécifiques d’institutions » et cela donnera des informations sur la durée nécessaire de ces confinements.

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