Des fèces médiévales pour mieux comprendre la santé intestinale moderne
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Des fèces médiévales pour mieux comprendre la santé intestinale moderne

Dans une étude, des chercheurs allemands ont trouvé des données historiques précieuses dans des latrines - ce qui pourrait contribuer à comprendre les maladies d'aujourd'hui

Luke Tress est le vidéojournaliste et spécialiste des technologies du Times of Israël

La chercheuse Susanna Sabin travaille au laboratoire de l'ADN ancien au sein de l'Institut  Max Planck de science d'histoire humaine. (Autorisation : Zandra Fagernäs)
La chercheuse Susanna Sabin travaille au laboratoire de l'ADN ancien au sein de l'Institut Max Planck de science d'histoire humaine. (Autorisation : Zandra Fagernäs)

Des chercheurs ayant étudié des excréments humains datant de l’époque médiévale, trouvés à Jérusalem et en Lettonie, ont découvert que les populations pré-industrielles présentaient des biomes intestinaux différents de ceux qui se retrouvent chez les êtres humains modernes ou chez nos ancêtres plus proches.

Réalisée par des scientifiques de l’Institut Max Planck en Allemagne, cette étude est la première à examiner des contenus intestinaux microbiens datant du Moyen-Age, et présente un intérêt pour la compréhension des maladies contemporaines, indiquent ses auteurs.

Les conclusions de l’étude offrent un premier aperçu de la « flore intestinale des populations agricoles pré-industrielles, ce qui peut donner un meilleur contexte d’interprétation dans le domaine de la santé des microbiomes intestinaux modernes », écrivent les chercheurs.

L’équipe a examiné des sédiments découverts dans des latrines du 14e et du 15e siècle – et notamment des fèces desséchées – à Jérusalem et à Riga, en Lettonie.

Les méthodes utilisées pour la recherche avaient été initialement développées pour détecter des bactéries anciennes dans des études consacrées à des épidémies historiques. Parmi ces méthodes, le recours à la microscopie photonique et à l’analyse ADN.

« Au départ, nous n’étions pas sûrs que les signatures moléculaires de ces contenus intestinaux étaient parvenus à survivre dans ces latrines pendant des centaines d’années. Un grand nombre de nos réussites obtenues dans l’extraction de bactéries anciennes résultaient de l’étude de tissus calcifiés, comme les os », explique Kirsten Bos, co-directrice de l’étude, dans un communiqué.

Ces latrines contenaient les excréments de nombreuses personnes – ce qui a permis aux scientifiques de pouvoir étudier plus largement les microbiomes de la communauté de l’époque, et de ne pas avoir à se limiter à l’échantillon fécal d’un seul individu.

Des latrines médiévales utilisées pour des recherches par les scientifiques de l’Institut Max Planck à Riga, en Lettonie. (Autorisation : Uldis Kaljis)

Des recherches antérieures avaient révélé que les personnes vivant dans le monde industrialisé avaient des microbiomes intestinaux très différents de ceux des communautés de chasseurs-cueilleurs du passé. Le microbiome humain est lié à des maladies – notamment à des pathologies intestinales, à des allergies et à l’obésité.

Les chercheurs ont trouvé dans les latrines toute une gamme de bactéries, d’archéobactéries, de protozoaires, de vers parasitaires, de champignons et autres micro-organismes.

Si certaines de ces espèces sont présentes dans les intestins de l’homme moderne, les ADN organiques trouvés dans les latrines semblent être issus d’un microbiome unique, différent des populations industrielles et pré-industrielles, et paraît aussi avoir été issu d’autres sources comme le sol ou les eaux usées.

« Il y a une similarité avec les microbiomes des chasseurs-cueilleurs modernes et des hommes de la période industrielle moderne, mais les différences constatées suffisent pour constituer un groupe distinct. Nous ne connaissons aucune source moderne qui puisse présenter le contenu microbien que nous avons constaté ici », commente Susanna Sabin, co-directrice de l’étude.

L’étude illustre le changement, au fil du temps, connu par les microbiomes intestinaux chez l’être humain, ont estimé les chercheurs.

« Si nous voulons déterminer ce qui constitue un microbiome sain pour la population moderne, alors nous devons commencer par nous intéresser aux microbiomes de nos ancêtres qui ont vécu avant l’usage des antibiotiques, avant le fast-food et autres caractéristiques de l’industrialisation », explique le chercheur Piers Mitchell.

L’étude a aussi permis de démontrer que les latrines sont des sources d’informations biomoléculaires précieuses pour mieux connaître les populations dans l’histoire.

« Nous aurons besoin d’un grand nombre d’études supplémentaires, sur d’autres sites archéologiques et à d’autres périodes de l’histoire, pour comprendre pleinement comment les microbiomes ont pu changer dans les groupes humains au gré du temps », souligne Kirsten Bos. « Nous avons toutefois fait une avancée déterminante en démontrant que l’on pouvait récupérer de l’ADN dans d’anciens contenus intestinaux, trouvés dans de vieilles latrines ».

L’étude a été publiée lundi par The Royal Society.

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