Des tests COVID permettent de détecter les infections virales congénitales chez les nouveau-nés

Un groupe de chercheurs de l’Université hébraïque et de l’hôpital Hadassah a démontré que le test PCR de salive groupé permettait un dépistage universel du cytomégalovirus congénital (cCMV) chez les nouveau-nés.

Le cytomégalovirus, qui résulte d’une infection par le cytomégalovirus (CMV), est l’infection virale congénitale la plus fréquente chez les nouveau-nés. Les fœtus contractent l’infection à travers le placenta, mais les hôpitaux procèdent rarement à un dépistage après la naissance.

La prévalence mondiale moyenne est d’environ sept infections par le cytomégalovirus pour 1 000 naissances de bébés vivants. Environ 20 % des bébés infectés développent des problèmes auditifs ou des déficits neurodéveloppementaux, voire les deux. Ces problèmes de santé sont diagnostiqués entre la naissance et l’âge de 10 ans environ.

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Le CMV se transmet le plus souvent par la salive et l’urine, et les femmes enceintes l’attrapent souvent par contact direct avec de jeunes enfants à la maison ou dans d’autres lieux de contact étroit.

La salive est utilisée depuis longtemps pour dépister le CMV chez les nouveau-nés et un résultat positif est toujours suivi d’un test d’urine pour confirmer le diagnostic.

Des chercheurs israéliens ont montré que les tests groupés permettaient au personnel médical et aux laboratoires de dépister un très grand nombre de patients en combinant des tests individuels pour former des groupes, une méthode qui a été appliquée systématiquement lors de la pandémie du COVID. Si un échantillon groupé se révèle négatif, aucun test supplémentaire n’est nécessaire. Si un échantillon groupé est positif, chaque échantillon de ce groupe est à nouveau testé pour la séquence virale.

Dana Wolf, directrice de la virologie clinique au centre médical de l’université Hadassah et professeure à l’université hébraïque. (Crédit : Autorisation)

Une étude évaluée par des pairs et publiée début mars par des chercheurs israéliens dans la revue de référence Nature Medicine montre comment des tests salivaires groupés et sensibles facilitent la détection du cytomégalovirus de manière fiable, logistiquement réalisable et suffisamment rentable pour aller au-delà des tests ciblés uniquement sur les nouveau-nés qui ne passent pas le test auditif ou dont on sait que la mère a été infectée par le virus pendant la grossesse.

Selon les auteurs de l’étude, le dépistage ciblé des nouveau-nés symptomatiques est insuffisant car environ 90 % des nouveau-nés infectés sont asymptomatiques. 10 à 15 % de ces enfants vont par la suite développer des complications.

« Les tests standard ciblés ne suffisent pas », a affirmé la professeure Dana Wolf, directrice de la virologie clinique de l’hôpital universitaire Hadassah et professeure à l’université hébraïque.

Wolf a collaboré à la recherche portant sur 15 805 nourrissons nés sur une période de treize mois dans les deux hôpitaux Hadassah de Jérusalem. Les autres membres de l’équipe étaient la biologiste informatique et professeure adjointe de l’Université hébraïque, la professeure Moran Yassour, et l’équipe de néonatologie de Hadassah dirigée par la professeure Smadar Eventov Friedman.

« Plus de 93 % des parents ont accepté de faire dépister leur bébé. Cela fait une énorme différence de passer d’un dépistage de 10 % à un dépistage de la quasi-totalité des bébés nés dans les hôpitaux », a indiqué Yassour.

Moran Yassour, professeure adjointe à l’Université hébraïque, affilié à la fois à la faculté de médecine et à l’école d’informatique. (Crédit : Ariel Van Straten)

Yassour a expliqué que Hadassah avait commencé à faire des tests PCR groupés pour la détection du COVID pendant la pandémie et qu’elle avait étudié la possibilité d’appliquer la même méthode pour le dépistage universel du cytomégalovirus

« Nous avons prélevé des échantillons de salive dans la bouche des bébés. Nous avons placé les écouvillons dans un tube contenant un tampon [liquide] qui conserve les séquences [virales] », a expliqué Yassour.

« Nous avons ensuite prélevé un huitième du liquide de chaque tube et l’avons combiné avec la même quantité provenant de sept autres échantillons. Nous avons ensuite testé l’échantillon regroupé », a-t-elle poursuivi.

Yassour, qui a cofondé le Centre for Computational Medicine (Centre pour la médecine numérique) de l’université hébraïque, a fait remarquer que le regroupement n’est pas nouveau et remonte aux années 1940. Robert Dorfman, professeur d’économie politique, a été le premier à l’utiliser à Harvard.

Grâce à son expertise, Yassour a pu passer au crible tous les résultats positifs des tests de dépistage du cytomégalovirus entre 2014 et 2021 afin de déterminer s’il était théoriquement possible d’obtenir des résultats précis en utilisant la technique du pooling, qui implique la dilution de chaque échantillon. Il est important de veiller à ce que les échantillons ne soient pas trop dilués pour éviter de ne plus pouvoir détecter correctement la séquence virale.

Après avoir effectué des calculs théoriques et des essais pilotes concluants, l’étude finale n’a révélé aucune perte de sensibilité pour la détection des virus à la suite de la mise en commun des données. Cette approche a permis d’économiser 83 % des tests salivaires qui auraient été nécessaires si les 15 805 nouveau-nés avaient été testés individuellement.

Des bébés à l’hôpital Bikur Holim de Jérusalem. Illustration. (Crédit : Flash90)

Plus de 96,18 % des mélanges se sont, par ailleurs, révélés négatifs, ce qui a évité de devoir refaire des tests sur des échantillons individuels.

« La précision de cette approche nous a permis de réduire considérablement le nombre d’analyses d’urine de suivi que nous devions effectuer sur les nouveau-nés. Obtenir un échantillon d’urine d’un bébé est assez difficile. Il faut mettre un sac [sur les parties génitales à l’intérieur de la couche] et attendre. C’est une procédure particulièrement fastidieuse », a expliqué Wolf.

Au final, 54 des 15 805 nourrissons de l’étude ont été identifiés comme porteurs du cytomégalovirus à l’aide d’un test urinaire de confirmation.

Selon Yassour, l’un des résultats encourageants du regroupement des tests a été la réduction du nombre de résultats faussement positifs.

« Wolf et d’autres ont prouvé que la salive était un bon premier filtre pour détecter le virus chez les nouveau-nés, mais de nombreux bébés testés positifs à la salive se sont révélés négatifs à l’urine », a expliqué Yassour.

« On pourrait penser que le système de pooling réduit la sensibilité en raison de la dilution, mais ce qui se passe en réalité, c’est que tous les échantillons qui étaient auparavant à la limite de la positivité sont filtrés et deviennent en fait négatifs », a-t-elle ajouté.

Wolf a souligné l’importance d’une détection précoce du cytomégalovirus et d’un suivi approprié, qui peut prendre la forme d’un traitement par des médicaments antiviraux, d’une surveillance étroite et continue de l’audition et du développement de l’enfant, ou des deux.

« Un point positif est que même si aucune directive officielle n’exige le dépistage du CMV chez les femmes enceintes en Israël, 80 à 90 % des obstétriciens font passer le test à leurs patientes », a indiqué Wolf.

« Nous avons constaté une augmentation du dépistage des femmes enceintes dans les pays d’Europe occidentale. D’une manière générale, le monde évolue vers un dépistage universel des femmes enceintes, mais ce n’est pas encore le cas. Israël est très en avance dans ce domaine », a-t-elle ajouté.