Le système de contrôle des eaux usées peut dorénavant déceler les variants COVID
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Le système de contrôle des eaux usées peut dorénavant déceler les variants COVID

Les nouvelles souches sont plus contagieuses et déjouent mieux le vaccin, mais leur prévalence est peu claire ; ce système amélioré de contrôle fournit des indications vitales

Une unité de traitement du coronavirus à l'hôpital Ziv, dans la ville de Safed, au nord du pays, le 7 octobre 2020. (David Cohen/Flash90)
Une unité de traitement du coronavirus à l'hôpital Ziv, dans la ville de Safed, au nord du pays, le 7 octobre 2020. (David Cohen/Flash90)

Une nouvelle technologie peut dorénavant donner aux autorités sanitaires du monde entier des avertissements préalables concernant d’éventuelles poussées épidémiques dues aux nouveaux variants du coronavirus – qui s’avèrent être beaucoup plus contagieux ou plus aptes à déjouer la vaccination.

Les États-Unis et d’autres pays sont profondément inquiets du fait que le variant britannique, plus contaminant que la COVID-19 initiale, ne parvienne significativement à s’implanter.

Et en Israël, où la souche britannique représente déjà 95 % des cas, le variant sud-africain, diagnostiqué chez plus de 150 personnes et qui, lui aussi, diminuerait l’efficacité du vaccin, préoccupe également. Le ministère de la Santé a par ailleurs annoncé avoir détecté les trois premiers cas du variant de New York, qui pourrait être aussi moins réceptif au vaccin.

Mais les autorités, dans le monde entier, tentent de déterminer la vitesse de propagation de ces souches, dans la mesure où de telles données reposent habituellement sur le séquençage génétique d’échantillons individuels – un processus onéreux et long qui ne se fait généralement que sur un sous-ensemble d’échantillons.

Un test COVID-19 au laboratoire coronavirus, à l’aéroport international Ben Gurion, le 14 décembre 2020. (Yossi Aloni / Flash90)

Les chercheurs de l’université Ben Gurion ont indiqué avoir trouvé un moyen facile et peu onéreux d’obtenir une vision d’ensemble de la propagation des variants, avec une « modernisation » du système de contrôle des eaux usées qui est d’ores et déjà utilisé par de nombreux pays dans la lutte contre le coronavirus. Il s’agit d’un kit de test qui ressemble très exactement à celui qui est utilisé pour évaluer les niveaux de COVID-19 dans les eaux usés, mais qui a été réadapté pour rechercher les variants.

Les chercheurs ont soumis un article sur leur technologie qui sera ultérieurement revu par leurs pairs, mais qu’ils ont déjà publié sur internet.

Les scientifiques ont développé leur test pour le variant britannique puis ont mis au point une technologie qui fonctionne pour le variant sud-africain. Ils disent être optimistes sur son adaptation future à d’autres mutations qui pourraient se présenter.

« Cela pourrait changer la donne dans l’alerte transmise aux autorités concernant la propagation de ces variants au sein de la population et cela pourrait leur permettre de prendre les initiatives appropriées qui sont susceptibles d’aider face à des souches plus transmissibles », a commenté le professeur Ariel Kushmaro, microbiologiste qui a dirigé la recherche, au Times of Israël.

Des membres du personnel de l’hôpital Hadassah Ein Kerem portent des équipements de sécurité en travaillant dans le pavillon réservé au coronavirus, le 1er février 2021. (Olivier Fitoussi/Flash90)

Dans la mesure où le variant britannique serait à 45 % plus transmissible que le coronavirus initial, sa prévalence est une information déterminante au niveau sanitaire pour les autorités, déclare Kushmaro. Et au vu des inquiétudes de ce que les vaccins puissent être finalement moins efficaces contre le variant sud-africain, il est important que les responsables aient l’occasion de réévaluer l’assouplissement des restrictions pour les personnes vaccinées si cette souche devait être de plus en plus présente, ajoute-t-il.

Kushmaro note que, si les autorités devaient voir encore ces souches se propager, elles auraient l’option de mettre en place des politiques particulières, telles que des confinements locaux et des campagnes de dépistage ; qu’elles pourraient réévaluer le fonctionnement des écoles où ces variants se diffusent plus facilement que la COVID initiale ; et qu’elles pourraient appeler le public à respecter avec vigilance les règles de distanciation sociale.

Le contrôle des eaux usées apporte actuellement une vision régionale du niveau de pandémie dans certaines parties des États-Unis, d’Europe, d’Australie et d’Israël – mais il ne précise pas aux autorités l’éventuelle recrudescence des variants en particulier.

L’installation de stations de contrôle des eaux usées au Technion – Institut israélien des technologies. (Autorisation : Technion – Institut israélien des technologies)

L’équipe de Kushmaro a mis en place des outils déterminants de dépistage qui permettent de détailler le niveau des variants britannique et sud-africain.

Tandis que l’invention implique des ajustements complexes qui sont venus s’ajouter à la création initiale, les instructions visant à produire ce nouveau test peuvent être facilement transmises aux entreprises spécialisées dans le monde entier dans le cadre d’un accord d’agrément, indique Kushmaro.

Si le variant britannique se propage rapidement en Israël, il se répand plus lentement dans les autres pays.

« Il y a de nombreux pays dans lesquels le variant britannique ne s’est pas encore largement répandu, notamment aux États-Unis, mais dans la majorité des cas, les pays ne contrôlent que la présence ou l’absence du coronavirus pour avoir une idée de la charge virale dans l’ensemble », explique Kushmaro. « Ce test peut nous aider à relever le défi majeur des variants », a-t-il conclu.

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