Le variant Omicron, une énigme « déroutante » pour les chercheurs israéliens

Une équipe de généticiens de Tel Aviv travaille d’arrache-pied pour répondre à certaines des grandes questions concernant le variant Omicron du coronavirus, notamment ses origines et sa capacité à échapper aux vaccins.

« Nous essayons de savoir quand il est apparu, comment il est apparu et combien de temps il s’est propagé sans être détecté », a déclaré au Times of Israel la professeure Adi Stern, chef du laboratoire de l’université de Tel Aviv consacré à l’évolution des virus.

La professeure Stern travaille à l’aide de modèles de la souche virale depuis que les détails de sa composition ont été rendus publics la semaine dernière, et a déclaré que l’exploration d’un variant du coronavirus si différent de ses prédécesseurs était « accablante ».

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« Ce que nous apprenons, c’est que ce variant est déroutant et inexplicable. Il y a un nombre énorme de mutations dans Omicron, dont certaines que nous avons déjà vues dans différents variants, mais certaines sont nouvelles », a-t-elle déclaré.

« Nous n’avons rien vu jusqu’à présent, en termes de variants, avec autant de mutations en général, ou spécifiquement dans la protéine de pointe, qui est une région très importante et la cible de la plupart des vaccins. Une surprise particulière concerne le RBD, le domaine de liaison des récepteurs, de la protéine de pointe », a déclaré M. Stern.

Les scientifiques s’attendaient à une mutation minimale dans cette région, car elle est responsable de l’entrée du virus dans les cellules humaines. Jusqu’à présent, le SRAS-CoV-2 a très bien réussi à pénétrer dans les cellules humaines, et l’idée acceptée était que le virus conserverait en grande partie la structure existante de la RBD – mais il y a plus d’une douzaine de mutations de la RBD dans Omicron.

Prof. Adi Stern de l’école de biologie cellulaire moléculaire et de biotechnologie de l’université de Tel Aviv (avec l’aimable autorisation de l’université de Tel Aviv)

« Nous nous attendions à ce que cette partie reste relativement similaire, mais nous avons été très surpris », a déclaré le professeur Stern.

Le laboratoire de Stern examine les schémas de mutations trouvés dans toutes les séquences de patients Omicron qu’il peut obtenir, ainsi que leur arbre phylogénétique, qui est un diagramme représentant les lignes d’ascendance évolutive.

Elle examine différentes hypothèses pour expliquer comment Omicron est apparu, y compris la possibilité qu’il soit apparu chez un patient immunodéprimé qui n’a pas pu se débarrasser du virus et est devenu l’hôte de multiples mutations.

Illustration – En Afrique du Sud, où Omicron a été découvert pour la première fois, une femme subit un test de dépistage du COVID-19. (AP Photo/ Shiraaz Mohamed)

« Il aurait pu s’agir d’un patient immunodéprimé atteint d’un cancer ou d’une autre maladie, d’une recombinaison de deux variants, d’un ensemble d’hypermutations qui se produisent plus rapidement que la normale, ou d’une foule d’autres possibilités », a déclaré Mme Stern, ajoutant que les résultats aideront à gérer les futures épidémies de variantes.

Elle a mis en garde contre la conclusion hâtive qu’Omicron deviendra dominant, qu’il échappera aux vaccins ou qu’il provoquera des maladies plus graves que les autres variantes.

« Certains variants se sont très largement répandus en Afrique du Sud, mais sont restés largement limités à ce pays », a-t-elle déclaré. « Au début de l’année, il y avait le variant britannique [Delta], qui a largement infecté Israël, et ce qu’on appelait à l’époque la variante sud-africaine, qui s’est à peine répandue. Nous ne savons pas vraiment ce qui fait qu’un variant prend le dessus dans un pays ou dans une grande partie du monde et que d’autres ne le font pas. »

« À ce stade, tout est possible. Il est possible que ce variant soit plus contagieux mais en réalité moins virulent. En fait, certaines études préliminaires en provenance d’Afrique du Sud suggèrent que c’est le cas, mais il est trop tôt pour le dire ».

« En ce qui concerne les vaccins, nous attendons ce que nous appelons des tests de neutralisation, c’est-à-dire que nous devons voir comment le virus réagit en laboratoire au sérum des personnes vaccinées. Et malgré les nombreuses mutations, je suis optimiste car le vaccin est normalement bon pour le virus même après des modifications, et il attaque le virus à plusieurs endroits, ce qui signifie que s’il y a des mutations à un endroit, il peut toujours cibler ailleurs. »