Comment les selles d'Israël pourraient prévenir une deuxième vague épidémique

Le contenu des toilettes de chaque Israélien pourrait bientôt jouer un rôle central dans les efforts visant à prévenir une deuxième vague de la pandémie de coronavirus.

Alors que les cas de Covid-19 en Israël diminuent, les responsables de la santé s’inquiètent de futures flambées épidémiques. Ils sont déterminés à les détecter rapidement, au niveau local, en utilisant les données des tests par écouvillonnage. Mais la capacité de test n’augmente pas aussi vite qu’espéré.

Aujourd’hui, une équipe de scientifiques a révélé avoir surveillé les selles de la nation pendant la majeure partie de la crise du Covid-19 et disposer du savoir-faire nécessaire pour déterminer où les épidémies se produisent en fonction du niveau de matériel génétique ou de protéines du virus trouvé dans les excréments.

« Une fois que nous aurons déterminé cela, nous pourrons l’utiliser comme un système d’alerte précoce contre une deuxième vague », a commenté Oded Nir, du département de dessalement et de traitement de l’eau de l’université Ben Gourion, au Times of Israel.

Oded Nir, du Département de dessalement et de traitement de l’eau de l’université Ben Gurion du Néguev. (Avec l’aimable autorisation de l’université Ben Gurion)

Son groupe de recherche travaille en étroite collaboration avec le ministère de la Santé et espère qu’après que les responsables de la santé auront examiné leur nouvelle méthode, la surveillance des eaux usées fera partie de la stratégie de lutte nationale d’Israël contre le virus. Il a également partagé sa méthode sur une plateforme open-source et est impatient de la voir reproduite au niveau international.

Pendant la majeure partie du confinement, l’équipe israélienne a collecté des échantillons d’eaux usées, de Haïfa au nord d’Israël jusqu’au Néguev au sud. Oded Nir explique : « Les opérateurs des stations d’épuration prélèvent des échantillons et les conservent dans des réfrigérateurs pour nous. Nous les collectons, nous les congelons à moins 80 degrés Celsius, puis nous faisons les tests dans un laboratoire ».

Leur confiance s’est accrue lorsque les cas de Bnei Brak ont atteint un pic et que la concentration de Sars-Cov-2 qu’ils ont détectée dans les eaux usées de la ville était élevée. « C’était une preuve de principe », a-t-il déclaré.

Les scientifiques affirment qu’il n’y a pas de problème éthique, car la méthode n’implique pas la collecte de données sur la santé des individus, mais seulement des informations sur un quartier ou une ville qui peuvent être utilisées pour une intervention précoce. Les responsables de la santé pourront réagir aux alertes comme ils l’entendent, éventuellement en procédant à un bouclage local ou en lançant des appels régionaux en faveur d’une distanciation sociale renforcée. Les données relatives aux égouts pourraient également être utilisées pour mettre fin aux mesures de confinement lorsque l’on constate une baisse des cas de coronavirus.

Parmi les membres du groupe figurent Itay Bar-Or, directeur du Centre national de virologie environnementale du ministère de la Santé, et Yakir Berchenko, de Ben Gurion, qui est réputé pour son action lors d’une épidémie de polio en 2013. En suivant l’étendue de la polio dans les eaux usées, M. Berchenko avait donné aux services de santé le temps de mener une campagne de vaccination avant que la maladie ne paralyse des enfants.

Les scientifiques européens ont déjà démontré qu’ils peuvent détecter la présence du Sars-Cov-2 – tel que le virus est officiellement connu – dans les eaux usées. Le virologiste français Vincent Maréchal, de l’université de la Sorbonne à Paris, a déclaré à l’AFP la semaine dernière que les eaux usées pourraient permettre aux experts de « suivre le virus ».

Les chercheurs israéliens affirment avoir mis au point le processus le plus précis à ce jour pour quantifier le niveau de coronavirus d’après une analyse des eaux usées.

Le chercheur principal de l’équipe israélienne, Ariel Kushmaro, chef du laboratoire d’ingénierie en biotechnologie de l’université Ben Gurion, a déclaré : « Nous sommes bien au-delà d’une réponse par oui ou par non à la question de savoir si le coronavirus est présent ou non, et nous avons une idée de l’étendue de la présence du virus dans les différentes communautés en nous basant sur ce que nous voyons dans les eaux usées ».

Canalisations d’égouts. (Crédit photo : Wissam Nassar/Flash90)

Des traces de coronavirus peuvent être trouvées dans les selles trois jours seulement après l’infection, a-t-il dit, ce qui est plus rapide que le dépistage possible dans de nombreux tests par écouvillonnage. La surveillance des eaux usées a également l’avantage de donner des informations sur les « porteurs silencieux », qui ne pensent pas être porteurs du coronavirus ou ne s’inscrivent pas pour les tests, a-t-il ajouté.

Ariel Kushmaro a déclaré au Times of Israel que maintenant que ses recherches ont été partagées sur une plateforme open source, elles peuvent être utilisées pour permettre la surveillance des eaux usées et le glanage d’informations quartier par quartier partout dans le monde.

Il a ajouté que la présence du Sars-Cov-2 dans les eaux usées ne devrait pas alarmer les gens, car la croyance dominante parmi les scientifiques – bien qu’elle ne soit pas encore confirmée – est que les eaux usées ou par les eaux usées purifiées ne peuvent pas transmettre le virus. (Certains chercheurs se méfient de telles affirmations. Dror Avisar, directeur du centre de recherche sur l’eau de l’université de Tel Aviv, a souligné dans une autre interview du Times of Israel que personne ne sait encore quels dangers le virus pourrait représenter dans les cours d’eau, les eaux souterraines ou les plages).

L’équipe de M. Kushmaro est en train de peaufiner son processus, et affirme que si sa proposition de programme national de contrôle des eaux usées est acceptée, elle pourra rapidement commencer à vérifier les eaux usées au niveau national. « Nous espérons que tout sera prêt pour la prochaine vague, pour la prochaine épidémie – même si bien sûr nous espérons qu’elle n’arrivera pas », a commenté Oded Nir.

Il a précisé que des tests par écouvillonnage seront encore nécessaires pour recueillir des données précises, mais que la surveillance des eaux usées donne une image générale de l’ensemble du pays plus rapidement et à moindre coût que par des tests de masse.

« C’est beaucoup moins cher que des tests effectués régulièrement sur l’ensemble de la population », assure le chercheur. « C’est un seul test comparé à un million ou des centaines de milliers de tests. Si on veut suivre un virus au niveau de la population, le coût est très faible ».